臨床研究センターは、総合医療センターが単に市民のニーズに応える医療機能を果たすだけでなく、臨床教育や研究にも力を注ぐべく設立された部門です。
真に市民のニーズに応えるべく医療レベルの維持・向上を計るためには、将来の医療を担う若い人材を育てることと、診断と治療に関わる臨床研究を進めることが不可欠で、そのための教育や研究にも重点がおかれているからです。そのために、「診断と治療に関わる研究」と「手術トレーニング」をサポートすることを柱としています。

この2つの柱を実践する場として、1995年には動物実験室が、1997年には研究室が作られ、全科に開放されました。そして、2010年4月に薬剤部から改組された治験管理室を臨床研究センターに統合しました。（治験の依頼などについては、「臨床研究・治験」の項を参照してください。）

当初は、設備も時間も不十分で、研究のmotivationの強いスタッフがボチボチ始めた程度ですが、設備が年々整えられるとともに利用する科が増えています。内科系外科系とも、疾患の診断と治療に直結する臨床研究を行い、特に外科系では手術のトレーニングと術式の開発にも実験室を利用しています。日常の忙しい臨床業務を終えてからの活動ゆえ、牛の歩みではありますが、確実に実績ができており、その情報を日本だけでなく世界にも発信しています。