脳神経センターは、脳神経外科と脳神経内科、脳血管内治療科から構成され、脳・脊髄・末梢神経・筋疾患などを包括的に診療するために設けられています。
高齢化社会の死亡原因の中で、脳卒中が占める割合も高く、急性期の脳卒中治療から、その再発予防を円滑に行なう体制にあります。急性期の脳卒中治療は、患者さんの予後に大きく影響するため非常に重要であり、t-PAの静脈投与の内科的治療から血管内治療（血栓溶解療法や血栓吸引療法）を含めた、急性期治療を常時、行なえる体制をとっています。
また、リハビリテーション部とも連携し、ケースワーカーも参加して、急性期から回復期のリハビリテーションの移行も円滑に行なえる体制にあります。
脳神経外科疾患は、以前からある外科的な治療以外に、より低侵襲の治療が行なわれるようになり、カテーテル治療、脳腫瘍に対するガンマナイフ（定位放射線治療）、内視鏡手術なども、積極的に行なう体制にあり、患者さんの負担が少ない治療を心がけています。
当院は、小児センターも併設されており、子どもから大人になる脳・脊髄疾患の患者さんの担当医のスムーズな移行も、小児脳神経外科や小児脳神経内科部門との協力で行なっています。